A keresztmegfeleltetés azt jelenti, hogy a közvetlen támogatások nyújtását környezetvédelmi minimum-feltételrendszer teljesítéséhez is kötik. Ez egyrészt 18 uniós környezetvédelmi direktíva és nemzeti jogszabály betartását, másrészt a tagállamok által megfogalmazott, úgynevezett jó mezőgazdasági és környezeti állapot fenntartását jelenti. Ezek teljesítésével – nem utolsósorban a jelentős többletterhek miatt – a régi tagországok gazdálkodói is sokat birkóztak, bár náluk folyamatosan vezették be a rendszert.
Az új tagállamok esetében Magyarország is csatlakozott a lengyel állásponthoz, amelynek értelmében három lépcsőben, 2009-ben, 2011-ben és 2013-ban vezetnék be ezeket, a többség azonban az Európai Bizottság javaslata alapján a kétlépcsős, 2009-es és 2011-es bevezetésről döntött. A kérdés még napirendre kerül az uniós agrárpolitika 2003-ban elkezdődött reformjának úgynevezett egészségügyi ellenőrzése során.
Az agrárminiszteri tanácsülés másik témája maga az egészségügyi ellenőrzés, a Health Check volt, amelyről a vitát már novemberben elkezdték. A magyar kormány álláspontja ezzel kapcsolatban az, hogy míg 2003-ban még a túltermelés, illetve annak levezetése okozott problémát, azóta megnövekedett az élelmiszer iránti kereslet. Amennyiben tehát az EU tovább megy az elkezdett úton, akkor nem túltermelés lesz, hanem hiány, ami a gabona és a tej esetében már tavaly is tapasztalható volt. Gráf József földművelésügyi és vidékfejlesztési miniszter a tanácsülés után elmondta: az egészségügyi ellenőrzés során az lesz az alapvető kérdés, hogy legyen-e felső határa a közvetlen kifizetéseknek. Ezt Magyarország – más, nagy birtokszerkezettel rendelkező tagállamokkal együtt – ellenzi, egyetért azonban azzal, hogy egyre több agrártámogatást csoportosítsanak át vidékfejlesztési célra.