A miniszteri tanács elé magyar kezdeményezésre, de spanyol, szlovák és litván támogatással került a vidékfejlesztési támogatások áfa-visszaigénylésének ügye. A vidékfejlesztési alapok felhasználásának szabályai a regionális fejlesztési alapoktól eltérően ugyanis nem adnak lehetőséget arra, hogy a beruházások áfa-tartalmát uniós forrásokból finanszírozzák. A kistelepülési önkormányzatoknak ezért maguknak kell előteremteniük az áfa-részt, ám elegendő forrás híján – a magyar érvelés szerint – nem képesek megpályázni a vidékfejlesztési támogatásokat.
Mivel a regionális fejlesztési alapok felhasználásának szabályai lehetőséget adnak az áfa visszaigénylésére, az az ellentmondásos helyzet alakult ki, hogy miközben a városokban végrehajtott beruházásoknál az áfa-t uniós pénzből fedezik, addig a falu-felújítási programok esetében nem. Az Európai Bizottság eddig azzal hárította el a magyar igényt, hogy nem akart precedenst teremteni a vidékfejlesztési alapra vonatkozó szabályozás módosításával. De mivel a Bizottság által javasolt közös agrárpolitikai állapotfelmérés egyébként is hozzányúlna a szabályokhoz, a magyar delegáció szerint ez jó alkalom lehet a vissza nem igényelhető áfa-ra vonatkozó rendelkezés módosítására.
Mariann Fischer Boel az EU mezőgazdasági biztosa megvizsgálja az ügyet, bár  így a papírforma szerint kevesebb projekt támogatására futja majd ugyanabból a keretből. Ez azonban csak elméletileg igaz, hiszen a visszaigényelhető áfa kapcsán több kistelepülésnek lesz lehetősége a támogatások megpályázására.
Fischer Boel különben a Bizottság részéről azért nem támogatta a magyar javaslatot, mert el akarja kerülni, hogy az uniós támogatásokat megadóztassák és azok az érintett országok költségvetését gyarapítsák. A regionális fejlesztési alapoknál azonban az EU egyszer már elfogadta ennek a lehetőségét.