Ezzel létrejön a központi hivatalból, a regionális főigazgatóságokból és a megyei igazgatóságokból álló háromszintű adóhatóság. Az APEH közlése szerint a szervezeti változtatás nem jár semmilyen hátránnyal az ügyfelekre nézve, és „az APEH személyi állományában meglévő értékek sem sérülnek”.  A változtatás fontos alapelve volt, hangsúlyozza a közlemény, hogy a hivatal a Vám- és Pénzügyőrséggel megvalósuló integráció után is hatékonyan szolgálja az adózókat. Az adó-, jövedelem- és illetőségigazolásokat a korábbi gyakorlathoz hasonlóan az adózó kérelmére bármelyik megyei igazgatóság kiadhatja, de az illetékügyekben kizárólag az eljáró hatósághoz lehet fordulni. Az APEH központi hivatala a továbbiakban elvi, szakmai irányító munkát végez, míg a regionális főigazgatóságok ellátják a megyei igazgatóságok szakmai-törvényességi felügyeletét, összehangolják és szabályozzák azok munkáját. A regionális főigazgatóságok látják el a másodfokú jogorvoslati feladatokat is. A kormány szeptember 24-én alkotott rendeletet az APEH átalakításáról, ami a háromszintű adóhatóság bevezetését és egyéb változtatásokat tartalmaz. A regionális igazgatóságok főigazgatósággá alakulnak élükön főigazgatóval. Október elsején létrejönnek az APEH különös hatáskörrel rendelkező szervei: Kiemelt Ügyek és Adózók Főigazgatósága, amely a Kiemelt Adózok Igazgatósága és a Kiemelt Ügyek Igazgatósága útján látja el feladatát – a Magyar Közlöny legutóbbi számában megjelent rendeletmódosítás szerint. A Kiemelt Ügyek Igazgatósága folytathatja le az APEH elnöke által elrendelt központosított ellenőrzéseket. Ez az igazgatóság az APEH elnökének utasítására vizsgálatot folytathat le honvédelmi vagy nemzetbiztonsági érdekek által indokolt esetben a Magyar Honvédséggel, illetőleg a nemzetbiztonsági szolgálatokkal szerződéses kapcsolatban állt vagy álló adózóknál is. Ugyancsak a Kiemelt Ügyek Igazgatósága vizsgálhatja az APEH Központi Hivatala és a területi szervek, az APEH Oktatási Intézete Informatikai Intézete adóügyeit.