Az egész támogatási rendszert szabályozó rendelet a közbeszerzéseket két csoportra osztja, attól függően, hogy azok értéke 300 millió forint alatti, vagy pedig meghaladja azt. Az előbbi esetben az ajánlatkérő az eredményhirdetés előtt legalább 5 nappal értesíti a közreműködő szervezetet arról, hogy mikor hirdeti ki az eredményt, majd ha ez megtörtént, akkor a következő 5 napon belül a közbeszerzés teljes dokumentációját megküldi a közreműködő szervezetnek, aki utóellenőrzést végez. Erre 7 napja van, és ha szabálytalanságot észlel, akkor jogorvoslatot kezdeményez. A közreműködő szervezet az irányító hatóság és a pályázók között helyezkedik el, és a támogatásokkal kapcsolatos operatív feladatokat végzi. A 300 millió forint feletti beszerzéseknél a támogatott cég előbb egyezteti a közreműködő szervezettel a beszerzés műszaki és szakmai tartalmát, majd az eljárás megindítását megelőzően legalább 20 nappal, az addigi dokumentumokat megküldi a Nemzeti Fejlesztési Ügynökségnek (NFÜ). Az NFÜ közbeszerzési-jogi minőségellenőrzésnek veti alá a dokumentumokat, és az ajánlattételi felhívás csak akkor tehető közzé, ha az ügynökség kiadta a jogi tanúsítványt. Az NFÜ az eljárásra megfigyelőt jelöl ki, aki végigkíséri a közbeszerzést, minden iratba betekinthet, és minden ülésen rést vehet. Eredmény csak akkor hirdethető, ha előtte az NFÜ szabályossági tanúsítványt állított ki arról, hogy az eljárás jogszerűen zajlott.