A közlemény szerint az MVH és a Mezőgazdasági Szakigazgatási Hivatal (MgSzH) 2,7 milliárd forintot nyert az Elektronikus Kormányzat Operatív Program (EKOP) keretében a két intézményt összekapcsoló hatékony informatikai struktúra kialakítására. Az uniós elvárásoknak megfelelő rendszer 2011. január 1-jétől alkalmas az összes, kölcsönös megfeleltetéssel kapcsolatos feladat elvégzésére. Az MgSzH informatikai infrastruktúrájának megújítását több mint 600 millió forinttal támogatta a projekt. Csaknem  200 millió forint jutott az MVH központi szervereinek cseréjére is, ezek már mindkét szervezet igényeit teljesítik. A kölcsönös megfeleltetés – cross compliance – rendszer lényege, hogy az MVH-nak már nem csak az egy-egy támogatáshoz szorosan kapcsolódó feltétel betartását kell ellenőriznie, hanem figyelembe kell vennie más társhatóságok által a támogatásigénylőre vonatkozó állat- és növény-egészségügyi, élelmiszerbiztonsági, állatjóléti és környezetvédelmi előírások, azaz a jogszabályban foglalt gazdálkodási követelmények ellenőrzésének eredményét is. Az MgSzH a kölcsönös megfeleltetés végrehajtásának legnagyobb intézményi szereplője. Az MVH az Európai Unió Közös Agrárpolitikája keretében nyújtott agrár- és vidékfejlesztési támogatások akkreditált kifizető ügynökségeként évi mintegy 500 milliárd forint kifizetését bonyolítja le. A kifizetések feltételét, a vonatkozó jogszabályok betartását pedig Magyarország uniós csatlakozása óta folyamatosan ellenőrzi. Az ellenőrzésekben alapvető változást hozott a Magyarországon 2009 és 2013 között fokozatosan bevezetendő kölcsönös megfeleltetési rendszer. A vonatkozó háttéranyagból kiderül, hogy az MVH-nak át kell vennie az MgSzH ellenőrzési eredményeit és a kifizetendő támogatási összeg kiszámítása során figyelembe kell vennie azokat. Szükség esetén pedig szankcionálnia is kell a több százezer támogatásigénylő közül a szabályszegőket. Ehhez volt szükség a két szervezetet összekapcsoló, hatékony informatikai rendszerre. Az új rendszer egyik fő eleme a gazdálkodók hivatalokon átnyúló, egységes, közös nyilvántartása. Ahhoz, hogy az MVH-nál benyújtott támogatási kérelem igénylőjéhez hozzá lehessen rendelni az MgSzH által végzett ellenőrzési eredményt, első és legfontosabb elemként az ügyfelek közös nyilvántartását és adatkezelését támogató rendszer kialakítása kezdődött meg a projektben. A munkát az ellenőrzések kockázatkezelésen alapuló kiválasztását megvalósító rendszer is segíti. Az informatikai rendszer – a fejlesztés alatti lépcsőzetes bevezetés mellett – 2011. január 1-jétől alkalmas az összes, kölcsönös megfeleltetéssel kapcsolatos feladat elvégzésére. A projekt keretében 9, sikeresen lebonyolított nyílt közbeszerzési eljárást hirdetett meg a két hivatal és számtalan központosított beszerzést valósított meg az infrastrukturális beruházások során.